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病毒改造
科研工作者们针对病毒载体进行了一系列改造，包括限制病毒的复制，增加病毒的侵染范围，增加病毒载体的外源插入片段的容量。比如删除了腺病毒A5载体中的E1和E3基因。E3基因对病毒包装来说是非必须基因，删除E3可以增加增加外源插入片段的容量。 去除E1导致腺病毒不能复制，从而增加其安全性。针对逆转录病毒，慢病毒和腺相关病毒的改造也是从限制复制和增加插入片段容量两个方面进行。同时，在最新一代的慢病毒载体中，研究人员还去除了3’LTR的增强子部分从而使得其整合到基因组后不会激活下游基因，更增加了安全性。辅助质粒上的序列也经过改造以降低重组的发生(无论是与病毒载体还是与宿主基因组序列)，并因此阻碍致病性病毒的产生。
如果某一个病毒载体的细胞侵染谱系不够广，则可以通过使用不同的表面糖蛋白从而增加其宿主侵染范围。其它的还包括针对多克隆位点的改造方便载体构建，改造polyA和启动子序列等。
安全性
尽管是经过多轮改造，但由于病毒的病原性特点，操作病毒载体时需要严格遵守相关规则。
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